Za posledných 12 rokov vyrástlo v košickej ZOO päť náučných chodníkov. Vďaka nim si návštevníci môžu rozšíriť vedomosti z rôznych prírodovedných odborov.
Náučný chodník Lužný les vznikol v roku 2019. Ide o nadzemný takmer 200-metrový chodník v pôvodnom biotope horského lužného lesa. Chodník spestrujú nadrozmerné 3D modely plazov a obojživelníkov. Detskí návštevníci si obľúbili lanovú prekážkovú dráhu. Vďaka tomuto chodníku získali návštevníci nový pohľad do viacerých expozícií. Súčasťou chodníka sú interaktívne tabule so základnými informáciami o živote v lužnom lese. Na chodník nadväzuje vonkajšia expozícia pôvodných druhov plazov a obojživelníkov s interaktívnou tabuľou s informáciami o slovenských plazoch.
Včelársky chodník je treťou náučnou trasou, ktorú ZOO vybudovala tiež v roku 2012. Chodník vedie východnou stranou okruhu Altaj. Predstavuje život včiel a ich význam pre život. Chodník je zakončený včelínom s niekoľkými úľmi. Návštevníci odtiaľ môžu vďaka statickému ďalekohľadu pozorovať prírodu okolia Košíc.
Geologický chodník vznikol v roku 2015 ako súčasť prvého zoogeografického okruhu Altaj. Chodník zahŕňa osem panelov, ktoré porovnávajú pohoria Karpaty a Altaj z pohľadu fauny, flóry, geológie a paleontológie. Súčasťou tejto náučnej trasy je aj niekoľko interaktívnych prvkov ako je napríklad skákacia pavučina a prezentácia geo-paleontologických nálezov z oblasti Európy zo zbierok Národného múzea v Prahe.